Perpustakaan adalah Unit penting dalam sentra administrasi sekolah tinggi dimana perpustakaan-perpustakaan berkolaborasi pada ranah akuisisi maupun koleksi digital,  teknologi informasi, preservasi dan high-density storage. Perpustakaan Amirullah semula dikenal dengan Perpustakaan STIP, yang berdiri kokoh sejak tahun 2002 di kawasan Marunda, Cilincing, Jakarrta Utara.

Sejak tahun 2008, Perpustakaan STIP sudah mulai menggunakan sebuah sistem berbasis Web yang bernama GTPustaka untuk pencarian kleksi serta sebagai alat peminjaman dan pengembaliannya, dan agar mempermudah para pemustaka mengakses koleksi yang berada di Pepustakaan STIP.

Pada tahun 2007 Perpustakaan STIP berubah nama menjadi Perpustakaan Amirullah. Adapun koleksi inti adalah koleksi komprehensif dan sebagian besar adalah terkait kemaritiman bila menimbang jumlah arsip dan dokumentasi yang dinaunginya. Dengan didukung sistem informasi yang berbasiskan kepada teknologi informasi yaitu digital library online information system maka pengunjung dapat secara langsung mencari dan menemukan koleksi-koleksi yang disediakan seperti: Koleksi buku, Koleksi Non buku, Koleksi Buku Elektronik serta karya yang dihasilkan segenap civitas academica dalam koleksi repository Sekolah Tinggi Ilmu Pelayaran Jakarta.

Seiring berjalannya waktu, pada 2019 dilakukan perpindahan dari sistem GTPustaka ke Sistem SLIMS (Senayan Library Management System) yang dipakai hingga saat ini.

Mengenal SLiMS, Sistem otomasi ini terdiri dari beberapa modul untuk menggantikan tugas-tugas manual ke sistem otomatisasi yaitu bibliografi (pengolahan buku dan terbitan berseri), sirkulasi, keanggotaan, stok opname dan pelaporan. Selain itu, Perpustakaan Amirullah juga melanggan beberapa database online yang diantaranya adalah Ebscohost, JMR, WMU Journal, dan Springer. Seluruh database tersebut dapat diakses di lingkungan Perpustakaan Amirullah.